别，另外的。同“陰陽别论”一样，本篇所论述有关脏腑的内容与其它篇章不同，自成一家之言，所以篇名为“五脏别论”。本篇着重讨论了奇恒之腑、传化这腑的概念、功能特点，以及五脏六腑的总体功能、功能特点。同时讨论了切寸口脉诊病的道理，诊断疾病的一般方法，并指出了信巫不信医的危害性。
新校正云：按全元起本在第五卷。①
黄帝问曰：余闻方士，或以脑髓为藏，或以肠胃为藏，或以为府，敢问更相反，皆自谓是，不知其道，愿闻其说。岐伯对曰：脑髓骨脉胆女子胞，此六者地气之所生也，皆藏于陰而象于②地，故藏而不泻，名曰奇恒之府。夫胃大肠小肠三焦膀胱，此五者，天气之所生也，其气象天，③④故泻而不藏，此受五藏浊气，名曰传化之府，此不能久留输泻者也。魄门亦为五藏使，水谷不得久藏。所谓五藏者，藏精气而不泻也，故满而不能实。六府者，传化物而不藏，故实而不能满也。所以然者，水谷入口，则胃实而肠虚;食下，则肠实而胃虚。故曰实而不满，满而不实⑤也。帝曰：气口何以独为五藏主?岐伯曰：胃者，水谷之海，六府之大源也。五味入口，藏于胃以养五藏气，气口亦太陰也。是以五藏六府之气味，皆出于胃，变见于气口。故五气入鼻，藏⑥⑦于心肺，心肺有病，而鼻为之不利也。凡治病必察其下，适其脉，观其志意，与其病也。拘于鬼神者，不可与言至德。恶于针石者，不可与言至巧。病不许治者，病必不治，治之无功矣。
①方士：懂方术之人，即医生。
②奇恒之府：高士宗注：“奇，异也;恒，常也，言异于常府也”。
③传化之府，此不能久留，输泻者也：王冰注：“言水谷入已，糟粕变化而泻出，不能久久留住于中，但当化己输泻令出而己，传泻诸化，故曰传化之府”。
④魄门：魄，通“粕”。魄门，即肛门。
⑤实而不满，满而不实：满指精气，实指水谷。五脏主藏精，宜保持精气盈满;六腑主传化水谷，宜保持水谷充实。
⑥察其下：新校正云：“按《太素》作必察其上下”。
⑦志意：即精神状态。
黄帝问道，我听懂得医方的一些人说：有的把脑髓作为脏，有的把肠胃作为脏，有的又把肠胃作为腑。他们的看法完全相反，但都认为自己是正确的，我不知道他们谁说的正确，希望听您谈一下这个问题。岐伯回答说，脑、髓、骨、脉、胆、女子胞宫，这六种脏器是禀受地气而生的，它们功能特点都是藏蓄陰精，就象大地藏载万物一样，宜蓄藏而不妄泻，名叫“奇恒之腑”。胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，这五种脏器是禀承天气而生的，它们的功能特点就象天体一样运转不息，所以只输泻而不蓄藏。它们将水谷精气传授给五脏，名叫“传化之腑”，饮食物不能在此久久停留，经变化后精华的吸收，糟粕排出体外，肛门也为五脏役使，使饮食物不能在此久藏。我们所说的五脏，它们的功能特点是藏蓄精气而不妄泻，所以只为精气充满，而不为水谷充实。我们所说的六腑，它们的功能特点是传导变化之物而不蓄藏，所以只能为水谷充实，而不能为精气充满。致所以是这个样子的原因，饮食物从口进入胃以后，这时胃是充实的而肠道
是空虚的;当饮食物从胃下行到肠道以后，这时胃是空虚的而肠道是充实的，所以说六腑是“实而不满”，五脏是“满而不实”。黄帝问道，诊察寸口的脉为什么能诊断全身五脏六腑的疾病?岐伯回答说，胃是人身水谷汇合之处，是六腑的最大源泉。饮食五味进入口，贮藏于胃，化生精微物质，充养五脏，寸口属于太陰肺经部位，手太陰肺经起于胃中，因为这样，所以五脏六腑的精气来源于胃，而从寸口上表现出来。臊焦香腥腐五气入鼻，藏于心肺二脏，心肺发生病变，鼻孔就不通利。凡是在治疗疾病的时候，必须问清病人二便的情况，辨别脉搏的变化，观察病人的精神意识变化及与疾病有关的其它一些情况。拘泥于鬼神的的人，无法同他讲述高深医学理论;害怕针刺砭石的人，无法同他讨论医治的技巧;不愿意治疗的病人，不必勉强地去给他治疗，勉强地治疗是收不到好的治疗效果的。