乙巳正月，南陽太守鲁宗之起兵来袭襄陽，桓蔚大惧，奔走江陵。刘毅等大军至马头，桓振恐不能守，又挟帝出屯江津，遣使见刘毅，愿割江、荆二州，奉送天子还京。毅等不许，宗之进屯纪南。振留桓谦、冯该守江陵，自引兵五千与宗之战，大破之，宗之走还，而毅等亦以兵乘振出，破该于豫章口。谦闻知，弃城走，毅等大军进入江陵，执卞范之等斩之。振以兵还，知城已失陷，其众皆溃，乃逃涡川。朝廷下诏大处分，悉委冠军将军刘毅所领，大赦改元，惟桓氏不赦。以桓冲靖忠王室，特宥其孙胤徙新安；以宗之为雍州刺史；毛璩为征西将军，统梁、益等军；以弟瑾为梁州刺史；瑗为宁州刺史，独桓氏及何澹之等不赦，桓谦、澹之皆奔降秦。
二月，留台百官备銮驾迎帝于江陵。刘毅、刘道规二人，握兵屯夏口，以备诸桓。使何无忌保帝东还，帝至建康，百官诣阙待罪，诏令复职。尚书殷仲文以朝廷音乐未备，言于刘裕，请治之。裕曰：“今日不暇给，且性所不解。”仲文曰：“好之自解。”裕曰：“正以解则好之，故不习耳！”以琅玡王德文为大司马，武陵王遵为太保，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。加裕尚书事，裕固辞不受，而请归藩镇。