一、袁世凯的作战总方针和兵力部署
早在1913年4月30日至5月3日，袁世凯就连续召集段祺瑞、段芝贵，陈宧、江朝宗、冯国璋等亲信及归其统辖的各省军队要人开会，策划武力对付南方革命党人的办法。5月1日，调陆军总长段祺瑞代理国务总理，确立了“战时内阁”体制。5月6日，再次召开秘密会议，初步拟定了对南方革命党军队作战的总方针。这个方针把用兵的重点放在湘、赣、皖、苏四省；而以京汉铁路和津浦铁路为交通运输线；以武汉、徐州为进攻出发地；以海军策应陆军作战；拉拢滇、桂、黔三省军队作为牵制力量。为实现这个作战方针，确定了如下作战部署：
1、沿京汉路南进的部队，主要攻击目标为湘、赣、皖三剩以驻信陽的北洋第六师（欠一部）为主力，河南第一师及混成旅为预备队，由鄂向赣进攻；以驻皖北的倪嗣冲所部（约步兵一个师、骑兵二个营）、河南雷震春的护军一部（约步兵五个营、炮兵二个营、骑兵一个营）以及赵倜所部毅军（约步兵十一个营、骑兵二个营），进攻皖省；北洋第二师为京汉路方向总预备队。另以北洋第六师一部和黎天才的湖北第一师一部，分别驻守武昌、汉陽、汉口。黎师另一部及雷震春护军备补兵一部，自荆州至新沟、蔡甸一带设置防御阵地，警戒湘剩
2、沿津浦路南进的部队，主要攻击目标为江苏南京。以驻鲁南的北洋第五师、驻兖州的张勋武卫军（约十九个营①）为主力，驻天津的北洋第四师、山东混成旅之一部为预备队，经徐州进攻南京；山东混成旅另一部防守济南；扬州徐宝山①部（约步兵一个师）为牵制部队。
3、以拱卫军、北洋第二师一部并奉军一部，负责防守北京。
4、以驻张家口的何宗莲第一师为机动部队，防备粤军由海路北上，或准备由海路南下攻粤。
5、姜桂题毅军驻张家口一带，防御蒙军袭扰①。
6、调闽军一部进驻上海，并调驻西陵、南苑、定县等处的第三师一部随往，以防不测。
7、第三师及第一师另一部由海路运往南方，登陆地点临时决定。
此外，对由革命党人任都督的湖南、广东，也作了相应部署。对于湖南，一旦谭延闿响应讨袁，即三路出兵进攻：一路由贵州的唐继尧派驻在镇远的部队直下常德；一路由陆荣廷派广西的部队由南向北进攻；一路由黎元洪派部队由岳州向南进攻。对于广东，若陈炯明宣布独立，则任命副护军使龙济光为广东都督，令其率所部进攻广州。另派海军游弋于闽、粤海面，以防止闽粤两省与南京联为一体。
要进军南方，必先控制湖北，所以袁世凯极力拉拢副总统兼湖北都督黎元洪（李烈钧被免职后，黎又兼江西都督）。而黎此时已完全投入了袁的怀抱，他致电袁世凯，表示“元洪惟知服从中央”，“决无瞻顾”②，决计让北洋军开进湖北，并取得了部分作战指挥权。
袁世凯将北洋系统的绝大部分兵力直接用于对南军作战，但按实际编制，各师的兵力只有七成左右，要实现其总的作战企图，兵力仍显单保为此，在直隶、河南、安徽、山东设立募兵机构，计划招募新兵二万左右。
这样，袁世凯完成了战争准备和部署，摆出了决心消灭南方革命军的咄咄逼人的阵势。
二、革命党人的讨袁决策
在袁世凯陆续派兵南下，战争端倪明显可察的情况下，孙中山再次呼吁革命党人丢掉幻想，实行武力讨袁。他指出：“除从速起兵以武力解决之外，实无其它办法”①。孙中山分别致电湘督谭延闿和粤督陈炯明，要求他们立即宣布独立，进行讨袁，但谭、陈在回电中均借故推诿。孙无奈，欲亲自赴粤发动讨袁，当即被人劝阻。孙又提议由陈其美先在上海宣布独立，打响讨袁第一槍。陈其美、黄兴等人坚不同意，认为“据数里之地以抗敌，犹执卵投石”①。此时，驻沪海军前来接洽，愿意宣告独立。孙甚喜，建议海军由海上进攻津沽。陈其美等人反对海军先发，认为“须海陆并起”②才行。不久，驻沪海军奉袁世凯命令开赴烟台。孙闻讯后，急欲劝阻，指出：海军“开赴烟台，恐将生变”。陈、黄则认为“海军既表同意于先，断不中变于后”③。结果，海军北上后即被袁控制。孙
中山别无他法，决定派人去策动南京第八师几个忠于革命的营长，先“冒险一发”①，以树立讨袁的旗帜。黄兴初则力言不可，认为那样将使“八师先自相战斗”②，后见孙中山主意已定，并准备亲往南京，只好服从孙的意见，遂定下武力讨袁的决心。但黄又认为孙“不善戎伍”①，且恐孙“轻身陷阵”，遭到不测，为留孙“以任大事”②，便自告奋勇代孙前往南京指挥作战。
革命党领导人在要否武力讨袁和如何讨袁问题上争论不休，莫衷一是，结果丧失了战机。7月初，原江西都督李烈钧潜赴上海孙中山处，表示愿意率江西军队首先发难。孙遂决定李烈钧回江西发动，黄兴去南京发动，其它各省伺机响应。
孙中山等革命党领导人虽然确定了武力讨袁的决策，但整个国民党人在思想和行动上并未真正统一。在北方的国民党议员中，少数人离开国会到南方参加讨袁战争，不少人仍呆在国会中醉心于“法律倒袁”。在南方的国民党都督中，也是各怀心计，涣散不齐。湖南的谭延闿、福建的孙道仁及江苏的程德全，非旧官僚即立宪派，他们观望气候，随风摇摆，不积极参加反袁斗争；安徽的柏文蔚和广东的陈炯明，内部矛盾重重，没有完全掌握军队；唯有江西的李烈钧态度明朗，讨袁坚决，并掌握着一部分比较可靠的军队，但力量有限，难于影响全局。此外，孙中山等革命党人没有组织统一的作战指挥中心和制定统一的作战方案；对于与战争有关的其它重大问题，诸如军队的调遣、动员，兵员的训练补充，粮秣弹药的保障等，都未研究和解决。这都对以后的战争产生不利的影响。
此外，宣布独立的各省，曾制定过各自的作战方案。如粤省拟派三个支队出师北伐，以一个旅援助江西；安徽拟以一部兵力阻击倪嗣冲军，另一部兵力渡江援赣；四川拟在攻占重庆后，顺流东下；沪军则准备攻占制造局，控扼吴淞口等等。这些方案也因种种原因，均未能顺利实现。