挟持汉少帝和陈留王来到洛陽，先是向全国宣布废除汉少帝，然后拥立陈留王刘协即位，是为汉献帝，董卓则自封相国，朝中大小事情都要经过他的批准。董卓大权在握，做了很多坏事，还不准别人劝谏，如果有谁说了一句他的坏话，立刻就会被董卓杀死。
大臣们也不敢得罪董卓，都害怕自己掉了脑袋，但尚书令王允决定为民除害，消灭董卓。
这个王允可不是一般的人物，他出身官宦人家，家族地位很高，十九岁的时候，他就担任朝廷要职，后来做了豫州刺史，随后出任河南尹，董卓挟天子后，任命王允为尚书令。
董卓生性凶险，重权在握，如果贸然反对他的话，肯定只能给自己带来伤害，王允深知其中的利害关系。为了稳定董卓，王允表面上装作十分忠诚，对董卓的任何决定都顺从附和，久而久之，董卓便真的以为王允对自己忠心不二，他也把王允当作了自己的亲信。不管大小事情，董卓都放手让王允去主持。自己得到了这么大的信任，王允求之不得，他借着职位便利，颁布了很多对国家和社会有利的措施。
别看王允对董卓事事依顺，其实他也有自己的坚持。朝廷有很多官员反对董卓，令董卓大为恼火，其中有个叫杨勋的，反抗特别强烈，后来他看到自己势单力薄，也知道对抗不了董卓，只好放弃。但王允认为杨勋是个人才，当董卓询问王允有谁能胜任司隶校尉这个职务时，王允首先就推荐了杨勋。董卓虽然讨厌杨勋，但他相信王允的话，便让杨勋上任司隶校尉。
王允表面上迎合董卓，暗地里则联络社会各界人士商讨讨伐董卓。司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人都参与其中。王允请示汉献帝，让护羌校尉杨瓒担任左将军，让执金吾士孙瑞担任南陽太守，一点一点把反对董卓的人安排在朝廷要职和重要地方官职上。随后王允对外下令讨伐袁术，准备让士孙瑞带着军队驻扎在道武关，其实都是为诛杀董卓做准备，害怕董卓外逃。狡猾的董卓似乎知道了王允的打算，他没有让士孙瑞出城，王允为了不暴露计划，顺着董卓的意思，提任士孙瑞为仆射，又把杨瓒提升为尚书，进一步控制朝廷。
公元191年，董卓封王允为温侯，作为给自己亲信的嘉奖，王允有点犹豫，想拒绝加封，这个时候，士孙瑞提醒了他。士孙瑞说，董卓多疑暴戾，如果拒绝加封，可能会引起董卓的猜疑，对计划不利。王允听了觉得有道理，便高兴地接受了董卓的加封。
公元192年，春耕时分，天气始终不见晴朗，大雨连下了两个多月，农民无法播种，个个摇头叹气。朝廷见此便准备了祭天大礼，王允和一干人等前去参加。大家看着眼前连绵不绝的陰雨，想到国家在董卓管制下变得污秽不堪，人人自危，心里很不是滋味。几个人在祭台上商量，干脆借天灾这个机会开始执行消灭董卓的计划，每拖一天时间，事情就变得更加糟糕，情况也会无法预料。
得到大家的同意后，王允把自己的计划说了出来。董卓有一个义子，名叫吕布，两人虽然在别人面前表现得很和睦，其实心里都对对方有着很强的戒备，王允准备利用两人之间的猜忌心，唆使吕布除掉董卓。
一开始，吕布并不反对王允的计划，但他觉得不应该由自己去刺杀董卓，而要换成别人，王允劝导吕布：“天下人都知道董卓是个奸臣贼子，况且你和他并不同姓，更不应该把他当作父亲。而且他也没有尽到做父亲的职责，现在他被世人唾弃，你可不要认贼作父，尽早抽身出来才是正确的。”王允的话简直说到吕布的心坎里去了，吕布想了想，一咬牙，决定亲自上阵。
恰好在这之后没多久，久病当中的汉献帝痊愈了，满朝文武都聚在未央宫庆祝献帝康复，王允就在这一次聚会时做好了准备。聚会前，吕布让都尉李肃从军中挑选出十名身手敏捷的士兵，大家穿着宫人的衣服，站在未央宫门外见机行事。没过多久，董卓进宫了，等他一走进未央宫，埋伏好的士兵冲出来把他围了起来，每个人都双眼怒瞪，手里的刀剑指着董卓，董卓吓得高声大叫救命。这个时候，吕布从后面冲出来，董卓以为自己有救了，谁料到吕布挥起武器朝董卓砍下去，董卓还没反应过来是怎么回事，就一命呜呼了。
董卓死后，他的尸体被丢弃在大街上任人践踏，他的家人也全部被诛杀，百姓得知董卓被杀的消息，个个拍手称快。王允运用智谋为东汉王朝赢得了喘息的机会，也赢得了百姓的称赞，在这之后，他上任录尚书事，掌管朝廷事务。